Desde a sua criação a FEA busca continuamente, manter um padrão de excelência acadêmica com produção de conhecimento e formação de pessoal altamente qualificado. Entre os institutos e Faculdades da Unicamp a FEA é uma das unidades que oferece um dos maiores números de Programas de Pós Graduação, todos eles muito bem avaliados pela Capes (Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior). A FEA tem 4 programas de Pós Graduação: Ciência de Alimentos, Engenharia de Alimentos, Tecnologia de Alimentos e Alimentos e Nutrição. Recentemente um 5° programa de Doutorado em Bioenergia se incorporou aos programas de Pós Graduação existentes na unidade.
O programa de Pós Graduação em Ciência de Alimentos foi criado em 1969, sendo o primeiro programa de Pós Graduação na área de Ciência de Alimentos implantado no Brasil; o doutorado foi criado em 1975. O programa de Pós Graduação em Tecnologia de Alimentos foi criado em 1969 oferecendo o Mestrado; o doutorado nesta área foi introduzido em 1978. O Programa de Pós Graduação em Engenharia de Alimentos teve o seu mestrado criado em 1969, enquanto o programa de Doutorado começou em 1980. O Programa de Pós Graduação em Alimentos e Nutrição teve seu Mestrado e Doutorado estabelecidos em 1987, sob o nome de Ciências da Nutrição. O Programa integrado de doutorado em Bioenergia (USP, UNICAMP e UNESP) foi reconhecido pelo MEC em 18 de dezembro de 2013.
Desde que os programas de Pós Graduação da FEA foram estabelecidos, 1.112 teses de Doutorado e 1578 dissertações de Mestrado foram defendidas. Os egressos ocupam posições de destaque em Institutos de Pesquisas, Indústrias de alimentos, organizações governamentais e não governamentais e Universidades, nacionais e estrangeiras.
Em 2014, teve início o programa de Doutorado em Bioenergia, uma iniciativa conjunta entre as três universidades paulistas: Universidade de São Paulo (USP), Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) e a UNESP. Este programa é uma iniciativa única envolvendo as três universidades estaduais paulistas e apresenta vários aspectos inovadores.
Atualmente, a FEA conta com 54 docentes, todos portadores do título de doutor. São pesquisadores de excelência que contribuem para o ensino e pesquisa de alto nível, além da prestação de serviços em sintonia com as tendências mundiais de todos os segmentos que integram a área de alimentos.
